第二部分
第二部开始，佐助的脸没有太大变化。他依旧冷酷强大，断绝了与鸣人和木本樱的友谊，一心追求实力。当三人再次相遇时，佐助毫不犹豫地攻击鸣人和木本樱，毫不留情。另一方面，对于一些陌生人，他又不愿意随意杀人。佐助和大蛇丸只是互相利用。与其他银人不同，佐助对大蛇丸既没有恐惧，也没有尊重。只有在训练中，他才愿意和大蛇丸在一起。佐助没有佩戴银仁的额头护体，身上唯一的印记就是内七波氏族的纹章。
从第一部到第二部的两年半时间里，佐助的能力有了很大的提升。他以长刀为武器，研发出一种新技术——千鸟流，可以使全身充满电，攻击逼近的敌人。他还掌握了雷脉轮的状态变化，可以不借助任何媒介，让脉轮刀随意变化。或许是受到大蛇丸的影响，佐助学会了类似隐蛇手的忍者技能。他控制咒文的能力也大大提高，可以把身体的一部分提升到咒文状态。佐助的实力更是深不可测，连九尾都怕三分。
佐助和赛
在第二部电影中，佐助在遇到赛的时候首次亮相。他对赛的出现无动于衷，也对大蛇丸的迟到不满。当赛说他会比佐助更好的配合鸣人的时候，佐助用sharingan震惊了赛。之后，赛试图帮助鸣人和木本樱，并将佐助带回木叶村。佐助对所有的劝说都置之不理，说只要能杀死臭鼬，就算大蛇丸拿走他的尸体，他也开始攻击新成立的7班。
经过几轮战斗，佐助进入了鸣人的意识，发现了九尾的秘密。九尾·福克斯对佐助的出现感到惊讶。他说佐助的sharingan和chakra甚至比他自己的还要邪恶，他以前见过类似的宇智波马达拉。佐助说他对九尾说的话一无所知，然后开始压制九尾的脉轮。当九尾撤退时，他威胁佐助不要杀鸣人。两个人回到了现实。正当佐助准备用他的绝技消灭所有人时，大蛇丸和窦出现了。窦劝说佐助留在第七班，这样可以削弱萧的实力，便于他向雪貂复仇。于是佐助一行消失了。
大蛇丸之死
佐助再次出现在他打倒的一群忍者中。他很干净，没有受伤。大蛇丸说，即使是所谓的天才在那个时代也没有这样的实力。因为佐助觉得自己跟大蛇丸没什么好学的，大蛇丸在卧病在床的时候突然用查克拉刀袭击了大蛇丸。早有准备的大蛇丸化身为“白鳞蛇”，试图抓住佐助的身体。这两个人在精神空间战斗。在佐助的sharingan下，大蛇丸遭遇了和对付臭鼬一样的惨败，他的精神世界被佐助彻底吞噬。
摆脱大蛇丸的控制后，佐助释放了被大蛇丸囚禁的水月。他和hidden商量组织一个新的团队，并表示已经有了人选。两人来到北秘办，说服了有特殊能力的管理员加入，然后释放了所有囚犯。佐助的最后一个队友是重吾。这个人是诅咒之源，有双重人格，有无法控制的杀人冲动。佐助、水月和翔磷来到关押重吾的北秘屋找到了他。有杀人冲动的想和水决斗，很快就被佐助的大蛇缠住了。重吾在佐助的高压下恢复了正常，又躲在牢房里，害怕他再出去杀人。佐助说他会成为重吾的笼子来阻止他杀人的冲动。然后佐助说君麻吕已经为他而死，现在重吾终于知道这个人就是君麻吕愿意冒着生命危险带他回大蛇丸的宇智波佐助。为了看看佐助能做什么让君麻吕为他牺牲，重吾决定加入他们。佐助四人组正式组建，命名为“蛇”。佐助最大的目的是杀死雪貂，世界会因为“蛇”的出现而大乱。佐助与小阿飞和开战。迪达拉被打败了，最后迪达拉为了证明自己的艺术，自己爆炸了，可惜佐助熟练的使用了sharingan，进入蛇的时候用空间忍术，跳到了其他空间。他成功地离开了爆炸地点，保住了自己的性命，而迪达拉却死于爆炸...
兄弟决战
另一边，木叶村收到大蛇丸被佐助杀死的信息，开始搜寻佐助。“蛇”成员项磷发现木叶的人在跟踪佐助，“蛇”前往“小”的基地，佐助甚至遇到了臭鼬，臭鼬指示佐助前往内广的家乡，告一段落。途中，佐助先去了家乡南河的神社大堂，在那里找到了密会地点。内广的“万花筒分享”存在的目的是为了控制九尾的权力。我也知道使用万花筒sharingan最终会导致失明。
兄弟俩刚刚打了一场决战。一开始佐助似乎占了上风，从背后捅了雪貂一刀。然而这是雪貂的另一个成员，佐助立刻用千鸟攻击了身后的另一只雪貂。后来我从完整的故事中得知，双方看似在战斗，实际上只是一场错觉上的攻防战，实体始终没有离开。他从黄鼠狼那里得知宇智波家族的创始人宇智波马达拉仍然存在，斑点和黄鼠狼一起毁灭了整个家族。我还了解到宇智波马达拉还拥有万花筒sharingan，他是第一个用眼睛控制九尾的人，并揭示了他眼睛的另一个秘密。臭鼬继续告诉佐助，万花筒sharingan的另一个秘密是，已经是万花筒sharingan主人的人，可以从其他人那里夺取同样的眼睛，创造出具有独特力量的“新双眸”，永远不会陷入失明的黑暗世界。所以雪貂一直想让佐助成为万花筒sharingan，而他需要的就是这个弟弟作为他的“备用”，来逃避sharingan的万花筒主人的失明。
佐助知道全部真相后，也采取了行动。佐助虽然巧妙地利用飞脂攻击和蛇身作为掩护，但因为和雪貂的力量差距，还是被雪貂肘击，失去了左眼。当然，事实上，这些只是臭鼬用“月读”制造的假象。臭鼬认为这可能会使佐助的实体瘫痪。但令人惊讶的是，佐助有能力破解他的月读，这伤害了黄鼠狼的左眼。佐助指出，瞳孔手术毕竟只是工具，sharingan也有超越万花筒sharingan的力量。雪貂的幻术失败，左眼受伤。所以佐助用自己擅长的“影风车术”取胜，让雪貂身体受伤。后来他用“逃火与火球术”攻击雪貂，雪貂也用“逃火与火球术”还击，但被佐助压制。
这时，臭鼬突然使用了高级瞳术“天光”，黑焰吞噬了佐助的火焰，一度也试图吞噬佐助。佐助随后巧妙运用大蛇丸的变身术，让甄珍穿在地下，避免被“天象照”吞噬；他也知道雪貂在使用“天光”的时候是无法变身的，他也知道雪貂的体力已经到了极限，所以他在地面进入法术状态2，使用“火遁龙浩火”的手法对地面受伤的雪貂进行奇袭。虽然雪貂还能躲开，但是他的右手被烧伤了，之前的战斗也让雪貂满身伤痕，查克拉已经将其消耗殆尽。佐助在用火逃跑的时候也耗尽了查克拉，但是他已经做好了杀死雪貂的准备，他要用终极秘密忍耐力杀死雪貂...
391，原来是佐助通过走火通道射向天空制造闪电，将闪电的巨大力量集中在手里，引着它攻击雪貂。这被佐助称为“雷盾麒麟之术”，把雪貂所在的岩石砸碎。佐助也认为雪貂的死期到了...但没想到的是，雪貂也用终极防御来防御佐助的轰击。臭鼬也用上了自己的终极技能“能帮”，原本防守的骷髅慢慢变成了巨人。就在这时，原本被佐助带走藏在身体里的大蛇丸，利用佐助浪费的力气占据了他的身体，用“八歧术”改变了八歧大蛇。但如日本神话中，大蛇八木的头已被“必辅”斩首；原本隐藏在八歧大蛇中的大蛇丸，被十拳剑(别名切酒大刀，其中一把可以封印醉梦自由世界中被蛰的一切)刺中，被吸入八歧大蛇所持的瓶子中。佐助也克制了大蛇丸的控制，直落。但佐助此时已经耗尽了沙林甘的力量，他的沙林甘也消失了。
面对雪貂强大的技能，佐助没有sharingan的力量，只是不断的用雷管攻击；但这被“须介”手持的“八支镜”一一抵挡，臭鼬一步步逼近。没想到的是，臭鼬似乎因为使用了“能帮”的手法而彻底崩溃了，吐了很多血，轻轻压在佐助的额头前，在佐助的耳边说了一句密语(其实是说“对不起佐助，不会再发生了”)，然后就突然倒下了。雪貂躺在佐助旁边的地上，佐助站着不动。雨下得很大，但是天空之火还在燃烧…佐助看到旁边的雪貂已经不动了，笑了笑，然后就倒下了…
捕捉八尾文章
佐助醒来后发现自己身处异地，宇智波麻原彰晃出现在眼前。宇智波鼬的真相也将被揭露。佐助看到斑的真面目时，左眼自动启动万花筒sharingan，拍出“天体照”；据斑说，臭鼬死前给佐助注射了瞳力，是为了保护佐助不受斑的伤害。从现场的口中，我很惊讶地听说，因为木叶高层下达的命令，雪貂杀了全家。佐助终于意识到，臭鼬自始至终的所作所为，不仅仅是为了木叶，也是为了自己的保护(比如消除自己身上的天道诅咒)，不禁潸然泪下。然而，他选择走上了一条与他哥哥不同的道路...目前，他加入蛇队，将队名改为“鹰”，并设定了新的目标——“消灭木叶”，以他的方式复兴内池波家族。他将与点点所带领的萧联手，不仅要瞄准木叶上层，还要帮忙捉拿另一个。目前身在雷地，幻术迫使夜月氏族的云仁放弃了英祖的纵队力量的位置，去云雷秀那里直接告诉英祖要带走他。
佐助对抗奇拉夫，奇拉夫连续两次击倒他，连内脏都被挖出来了。然而，翔磷和鹰队的重吾救活了他，这惹恼了奇拉夫，并揭露了巨牛的真面目！！隐藏为了保护他们不被过度消耗，他们主动从房子后面挡住了小八，但没用一会儿就把他们打晕了...佐助看到身边的队友为了自己冒着生命危险，突然想起自己在木叶的时候，和鸣人，木本樱在一起，心里并不觉得犹豫和孤独。他打开右眼的万花筒sharingan，用尽全力用雪貂传承的忍耐力——“天照”与一名绝地反击...熊雄的黑色火焰。在八公挣扎的时候，她向香磷化了一团火焰，香磷顿时晕倒在水中，身上的火焰也燃烧起来...重吾劝佐助离开，但是点燃了保护同伴之心的佐助却不愿离开，甚至在绝望中启动了左眼的沙林根万花筒。神奇的是，原来佐助的眼睛同时睁开，居然有熄灭“赵天”火焰的效果，不仅熄灭了香磷身上的火焰，也熄灭了微弱的八公身上的火焰。而佐助也完成了抓八公的任务(其实是八公脱下的章鱼脚，不过已经脱离危险了)，却震惊了八公的哥哥——“雷影”...